引子的純化
從 DNA 的化學合成原理可知，DNA 的化學合成是從 3' 端開始，經一系列的化學反應，逐一地將鹼基連接起來。其中，偶合反應的效率可達到 99%，也就是說，每加上一個新鹼基，都會有總量 1% 的 DNA 片段附加不上新的鹼基 (出現合成失敗 DNA 片段)，而這些合成失敗的 DNA 片段全部殘留在合成 DNA 粗製品中。如果使用此粗製品直接進行 PCR 反應、定序反應時，便會影響實驗結果。
一般，粗製品中的目標 DNA 序列和失敗 DNA 序列的比例大致如下表
一般，粗製品中的目標 DNA 序列和失敗 DNA 序列的比例大致如下表
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合成長度
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全長引子比例(%)
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失敗引子比例(%)
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20mers
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83
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17
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50mers
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61
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39
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75mers
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48
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52
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100mers
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37
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63
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這些值是假設每次偶合反應的效率為 99% 時計算出的近似值，如果進一步考慮其他因素，上表中的失敗 DNA 的比例還會進一步增大。因此，對合成 DNA 粗製品進行純化是非常重要的步驟。下面說明我們的 DNA 合成製品的等級分類。
合成引子純化等級分類：
- OPC 純化製品：
採用OPC(Oligonucleotide Purification Cartridge) 純化，製品純度可大於 90％。此等級製品可用作 PCR 引子等。該等級只提供長度在 40mers 以下的引子。序列更長時，製品的純度得不到保證。 - PAGE 純化製品：
採用 PAGE(Polyacrylamide Gel Electrophoresis) 純化，製品純度可大於95％。如訂購的引子欲作為 RT-PCR 引子，各種探針，或用於PCR克隆定序，定點突變 (Site-Directed Mutagenesis) 等，請選用 PAGE 純化製品。當合成的引子序列較長(>40mers) 時，PAGE 是最好的純化方法，所以對 40mers 以上的引子，我們只提供 PAGE 純化製品。 - HPLC 純化製品：
採用HPLC（High Performance Liquid Chromatography）純化，製品純度可大於99％。由於製品純度非常高，使用本方法純化的引子可適用於各種基因工程實驗。特別是 PCR 克隆、定點突變(site-directed mutagenesis)、人工合成基因等。不過，本方法只對純化序列較短序列 (<40mers) 特別有效，合成較長序列 (>40mers) 時，請選擇 PAGE 純化製品。
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應用
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引子長度要求
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純度級別要求
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一般 PCR 擴增
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<40 mers
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OPC
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一般 PCR 擴增
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>40 mers
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PAGE
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診斷 PCR 擴增
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<40 mers
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OPC, PAGE
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DNA 定序
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>20 mers左右
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PAGE
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亞克隆，點突變等
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>根據實驗要求而定
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OPC，PAGE，HPLC
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基因構建(全基因合成)
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>根據實驗要求而定
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PAGE
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反義核酸
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>根據實驗要求而定
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PAGE
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修飾引子
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>根據實驗要求而定
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PAGE，HPLC
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